من أهم مظاهر هذا المرض تكرار حدوث الالتهاب الميكروبي بعد تمام الشفاء ، ويكون الالتهاب الجديد في أكثر من 80% من الحالات من فصيلة أخرى من الميكروب غير الميكروب الذي تم القضاء عليه، يحدث الالتهاب المتكرر خاصة في الأولاد المصابين بانسداد خلقي في المسالك البولية (وقد يكون الالتهاب فيهم مميتاً ) ويكثر في النساء ، اللواتي يعاودهن الالتهاب مرة بعد مرة حتى يحدث الفشل الكلوي ، ويسبب فهن الوفاة عادة من سن 40ـ60 سنة .
يتلخص علاج التهاب المسالك البولية والكلى الميكروبي في فصل الميكروب المسبب للمرض بمزرعة البول واختبار حساسيته لمضادات الميكروبات ، ثم إعطاء المريض المضاد المناسب للفترة المناسبة ، علاج التهابات المسالك البولية السفلي (التهاب المثانة مثلاً) يكفيه علاج لمدة ثلاثة أيام أما في التهاب الكلى الميكروبي فينبغي الاستمرار في تناول مضاد الميكروبات لمدة لا تقل عن عشرة أيام ، بعض مضادات الحيوية تثبط نمو الميكروب فحسب وبعضها الآخر قاتل للميكروب ، وينبغي على الطبيب تخير مضاد من الصنف القاتل للميكروبات ، إذا أثبتت مزرعة البول أن هناك عدداً كبيراً من المضادات فعالة على الميكروب فمن واجب الطبيب تخير أقلها سمية على الجسم وأقلها في الأعراض الجانبية ، وأيسرها في التناول (يختار المضاد الذي يعطى بالفم وليس الذي يعطى زرقاً في الوريد مخففاً في محاليل على سبيل المثال) والذي يعطى مرة واحدة كل 24 ساعة أفضل من ذلك الذي يعطى كل 3 ساعات ،وأخيراً على الطبيب أن يختار ـ إذا تساوت كل هذه الشروط ـ أرخصها ثمناً ، مثلاً التهاب المثانة البسيط ، بدون مضاعفات ، المتسبب من باسيل القولون ، الذي يقابله الممارس في سيدة في المجتمع ، يكفيه العلاج لثلاثة أيام فحسب بـ"كوترايموكسازول" ً فسعره زهيد ، مثل هذا الالتهاب البسيط المتسبب من ميكروب بسيط حساس لكافة مضادات الميكروبات من الخطأ أن يعالجه الطبيب بعقار باهظ الثمن يعطى زرقاً بالوريد في محاليل كل 6 ساعات ولمدة عشرة أيام.
إذا قابل الطبيب مريضاً يشكو من نوبات متكررة من الالتهاب فواجبه الأول استبعاد أي مرض يستدعي التدخل الجراحي قبل أن يعاود علاجه بمضادات الميكروبات ، قد يحتاج المريض لإزالة حصوة أو استئصال بروستاتا أو توسيع قناة مجرى البول أو خلافه ، ثانياً العدوى بالمستشفيات كثراً ما تسببها ميكروبات صعبة العلاج (مثل بسودوموناس أو كلبسيلا) أو لديها مقاومة للمضادات الحيوية المألوفة وتحتاج للعلاج بمضادات حيوية منتقاة بعناية في ضوء الأسس السابق توضيحها ، في ضوء الأسس السابق توضيحها ، وهذه المضادات مرتفعة الثمن في الأغلب ،وأخيراً المرضى ثبتت لديهم قسطرة في المثانة (لاحتباس مزمن في البول أو لمرض في أعصاب المثانة) كان من الشائق أن يوصف لهم مضاد للميكروبات على سبيل الوقاية من حدوث الالتهابات ، ثبت أن وصف المضاد لا يجدي في الوقاية ويربي ميكروبات تتحصن ضد تأثيره ، والذي أنصح به أن تنتظر حتى تحدث الأعراض (ارتفاع في الحرارة ، قشعريرة....إلخ) وعندئذ يعطى مضاد حيوي لفترة قصيرة لعلاج الالتهاب الذي حدث.